工业显微镜是一种精密的光学仪器，因此在正确使用的同时，做好显微镜的日常维护和保养，也是非常重要的一环。注重显微镜的良好维护和保养，可以延长显微镜的使用时间并确保显微镜能始终处于良好的工作状态中。
使用防尘罩
工业显微镜很少是在无尘的环境中使用，为了防止尘土的污染，每次用完显微镜后，须用防尘罩将显微镜及其附件遮盖。用防尘罩遮盖显微镜前，先让显微镜和灯冷却，以防止出现水汽，因为防尘罩是不耐热的。
保持工业显微镜使用场地干燥，尽管每台徕卡显微镜均采用了特殊的防霉处理工艺，但当显微镜长期工作在湿度较大的环境中，还是会增加霉变的几率。
清洁
工业显微镜中目镜物镜的表面镜头最容易受到灰尘和污物及油的粘污，当发现衬度，清晰度降低，雾状发生时，则需要用放大镜仔细检查目镜，物镜前面镜头的状况。当显微镜光学部件有污垢时，切勿用手指、粗纸或手帕去擦，以防损坏镜面。可先用吹气球吹去灰尘或用柔软毛刷去污物，再用擦镜纸沾溶剂擦净。
二、清洁载物台：
用石蜡油或者不含酸的凡士林将载物台上的淡色污点擦除。
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